Fue creada el 28 de septiembre de 2019 por el Papa Francisco a partir del desmembramiento de la Arquidiócesis de México, nombrando también como su primer Obispo a Don Andrés Vargas Peña, quien se había desempeñado anteriormente como Obispo Auxiliar en este territorio. La nueva diócesis comienza sus funciones con 44 sacerdotes diocesanos, 2 sacerdotes religiosos y 100 religiosas distribuidos en 40 parroquias en el territorio que abarca las alcaldías de Tláhuac, Milpa Alta y Xochimilco.
S.E. Mons. Andrés Vargas Peña